Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19 (2022)

Type of publication:
Journal article

Author(s):
Kousathanas A.; Pairo-Castineira E.; Rawlik K.; Stuckey A.; Odhams C.A.; Russell C.D.; Malinauskas T.; Wu Y.; Shen X.; Elliott K.S.; Griffiths F.; Oosthuyzen W.; Morrice K.; Keating S.; Wang B.; Rhodes D.; Klaric L.; Zechner M.; Parkinson N.; Siddiq A.; Goddard P.; Donovan S.; Maslove D.; Nichol A.; Semple M.G.; Zainy T.; Maleady-Crowe F.; Todd L.; Salehi S.; Knight J.; Elgar G.; Chan G.; Arumugam P.; Patch C.; Rendon A.; Bentley D.; Kingsley C.; Kosmicki J.A.; Horowitz J.E.; Baras A.; Abecasis G.R.; Ferreira M.A.R.; Justice A.; Mirshahi T.; Oetjens M.; Rader D.J.; Ritchie M.D.; Verma A.; Fowler T.A.; Shankar-Hari M.; Summers C.; Hinds C.; Horby P.; McAuley D.; Montgomery H.; Openshaw P.J.M.; Elliott P.; Walsh T.; Tenesa A.; Fawkes A.; Rowan K.; Ponting C.P.; Vitart V.; Wilson J.F.; Yang J.; Bretherick A.D.; Scott R.H.; Hendry S.C.; Moutsianas L.; Law A.; Caulfield M.J.; Baillie J.K.; Begg C.; Ling L.; Millar J.; Pereira A.C.; Aravindan L.; Armstrong R.; Biggs H.; Boz C.; Clark R.; Coutts A.; Coyle J.; Cullum L.; Das S.; Day N.; Donnelly L.; Finernan P.; Fourman M.H.; Furlong A.; Furniss J.; Gallagher B.; Gilchrist T.; Golightly A.; Hafezi K.; Hamilton D.; Hendry R.; Law D.; Law R.; Law S.; Lidstone-Scott R.; Macgillivray L.; Maclean A.; Mal H.; McCafferty S.; McMaster E.; Meikle J.; Moore S.C.; Murphy S.; Hellen M.; Zheng C.; Chen J.; Paterson T.; Schon K.; Stenhouse A.; Das M.; Swets M.; Szoor-McElhinney H.; Taneski F.; Turtle L.; Wackett T.; Ward M.; Weaver J.; Wrobel N.; Arbane G.; Bociek A.; Campos S.; Grau N.; Jones T.O.; Lim R.; Marotti M.; Ostermann M.; Whitton C.; Alldis Z.; Astin-Chamberlain R.; Bibi F.; Biddle J.; Blow S.; Bolton M.; Borra C.; Bowles R.; Burton M.; Choudhury Y.; Cox A.; Easthope A.; Ebano P.; Fotiadis S.; Gurasashvili J.; Halls R.; Hartridge P.; Kallon D.; Kassam J.; Lancoma-Malcolm I.; Matharu M.; May P.; Mitchelmore O.; Newman T.; Patel M.; Pheby J.; Pinzuti I.; Prime Z.; Prysyazhna O.; Shiel J.; Tierney C.; Wood S.; Zak A.; Zongo O.; Bonner S.; Hugill K.; Liggett S.; Headlam E.; Bandla N.; Gellamucho M.; Davies M.; Thompson C.; Abdelrazik M.; Bakthavatsalam D.; Elhassan M.; Ganesan A.; Haldeos A.; Moreno-Cuesta J.; Purohit D.; Vincent R.; Xavier K.; Frater A.; Saleem M.; Carter D.; Lamond Z.; Wall A.; Fernandez-Roman J.; Hamilton D.O.; Johnson E.; Johnston B.; Martinez M.L.; Mulla S.; Shaw D.; Waite A.A.C.; Waugh V.; Welters I.D.; Williams K.; Cavazza A.; Cockrell M.; Corcoran E.; Depante M.; Finney C.; Jerome E.; McPhail M.; Nayak M.; Noble H.; O'Reilly K.; Pappa E.; Saha S.; Knighton A.; Antcliffe D.; Banach D.; Brett S.; Coghlan P.; Fernandez Z.; Gordon A.; Rojo R.; Arias S.S.; Templeton M.; Meredith M.; Morris L.; Ryan L.; Clark A.; Sampson J.; Peters C.; Dent M.; Langley M.; Ashraf S.; Wei S.; Andrew A.; Bashyal A.; Davidson N.; Hutton P.; McKechnie S.; Wilson J.; Baptista D.; Crowe R.; Fernandes R.; Herdman-Grant R.; Joseph A.; O'Connor D.; Allen M.; Loveridge A.; McKenley I.; Morino E.; Naranjo A.; Simms R.; Sollesta K.; Swain A.; Venkatesh H.; Khera J.; Fox J.; Andrew G.; Barclay L.; Callaghan M.; Campbell R.; Clark S.; Hope D.; Marshall L.; McCulloch C.; Briton K.; Singleton J.; Birch S.; Brimfield L.; Daly Z.; Pogson D.; Rose S.; Nown A.; Battle C.; Brinkworth E.; Harford R.; Murphy C.; Newey L.; Rees T.; Williams M.; Arnold S.; Polgarova P.; Stroud K.; Meaney E.; Jones M.; Ng A.; Agrawal S.; Pathan N.; White D.; Daubney E.; Elston K.; Grauslyte L.; Hussain M.; Phull M.; Pogreban T.; Rosaroso L.; Salciute E.; Franke G.; Wong J.; George A.; de Gordoa L.O.-R.; Peasgood E.; Phillips C.; Bates M.; Dasgin J.; Gill J.; Nilsson A.; Scriven J.; Collins A.; Khaliq W.; Gude E.T.; Delgado C.C.; Dawson D.; Ding L.; Durrant G.; Ezeobu O.; Farnell-Ward S.; Kanu R.; Leaver S.; Maccacari E.; Manna S.; Saluzzio R.P.; Queiroz J.; Samakomva T.; Sicat C.; Texeira J.; Da Gloria E.F.; Lisboa A.; Rawlins J.; Mathew J.; Kinch A.; Hurt W.J.; Shah N.; Clark V.; Thanasi M.; Yun N.; Patel K.; Bennett S.; Goodwin E.; Jackson M.; Kent A.; Tibke C.; Woodyatt W.; Zaki A.; Abraheem A.; Bamford P.; Cawley K.; Dunmore C.; Faulkner M.; Girach R.; Jeffrey H.; Jones R.; London E.; Nagra I.; Nasir F.; Sainsbury H.; Smedley C.; Patel T.; Smith M.; Chukkambotla S.; Kazi A.; Hartley J.; Dykes J.; Hijazi M.; Keith S.; Khan M.; Ryan-Smith J.; Springle P.; Thomas J.; Truman N.; Saad S.; Coleman D.; Fine C.; Matt R.; Gay B.; Dalziel J.; Ali S.; Goodchild D.; Harling R.; Bhatterjee R.; Goddard W.; Davison C.; Duberly S.; Hargreaves J.; Bolton R.; Davey M.; Golden D.; Seaman R.; Cherian S.; Cutler S.; Heron A.E.; Roynon-Reed A.; Szakmany T.; Williams G.; Richards O.; Cheema Y.; Brooke H.; Buckley S.; Suarez J.C.; Charlesworth R.; Hansson K.; Norris J.; Poole A.; Rose A.; Sandhu R.; Sloan B.; Smithson E.; Thirumaran M.; Wagstaff V.; Metcalfe A.; Brunton M.; Caterson J.; Coles H.; Frise M.; Rai S.G.; Jacques N.; Keating L.; Tilney E.; Bartley S.; Bhuie P.; Gibson S.; Lyle A.; McNeela F.; Radhakrishnan J.; Hughes A.; Yates B.; Reynolds J.; Campbell H.; Thompsom M.; Dodds S.; Duffy S.; Greer S.; Shuker K.; Tridente A.; Khade R.; Sundar A.; Tsinaslanidis G.; Birkinshaw I.; Carter J.; Howard K.; Ingham J.; Joy R.; Pearson H.; Roche S.; Scott Z.; Bancroft H.; Bellamy M.; Carmody M.; Daglish J.; Moore F.; Rhodes J.; Sangombe M.; Kadiri S.; Croft M.; White I.; Frost V.; Aquino M.; Jha R.; Krishnamurthy V.; Lim L.; Combes E.; Joefield T.; Monnery S.; Beech V.; Trotman S.; Christine Almaden-Boyle; Austin P.; Cabrelli L.; Cole S.; Casey M.; Chapman S.; Whyte C.; Baird Y.; Butler A.; Chadbourn I.; Folkes L.; Fox H.; Gardner A.; Gomez R.; Hobden G.; Hodgson L.; King K.; Margarson M.; Martindale T.; Meadows E.; Raynard D.; Thirlwall Y.; Helm D.; Margalef J.; Criste K.; Cusack R.; Golder K.; Golding H.; Jones O.; Leggett S.; Male M.; Marani M.; Prager K.; Williams T.; Roberts B.; Salmon K.; Anderson P.; Archer K.; Austin K.; Davis C.; Durie A.; Kelsall O.; Thrush J.; Vigurs C.; Wild L.; Wood H.-L.; Tranter H.; Harrison A.; Cowley N.; McAlindon M.; Burtenshaw A.; Digby S.; Low E.; Morgan A.; Cother N.; Rankin T.; Clayton S.; McCurdy A.; Ahmed C.; Baines B.; Clamp S.; Colley J.; Haq R.; Hayes A.; Hulme J.; Hussain S.; Joseph S.; Kumar R.; Maqsood Z.; Purewal M.; Benham L.; Bradshaw Z.; Brown J.; Caswell M.; Cupitt J.; Melling S.; Preston S.; Slawson N.; Stoddard E.; Warden S.; Deacon B.; Lynch C.; Pothecary C.; Howe G.S.; Singh J.; Turner K.; Ellis H.; Stroud N.; Dearden J.; Dobson E.; Drummond A.; Mulcahy M.; Munt S.; O'Connor G.; Philbin J.; Rishton C.; Tully R.; Winnard S.; Cathcart S.; Duffy K.; Puxty A.; Puxty K.; Turner L.; Ireland J.; Semple G.; Long K.; Whiteley S.; Wilby E.; Ogg B.; Cowton A.; Kay A.; Kent M.; Potts K.; Wilkinson A.; Campbell S.; Brown E.; Melville J.; Naisbitt J.; Joseph R.; Lazo M.; Walton O.; Neal A.; Alexander P.; Allen S.; Bradley-Potts J.; Brantwood C.; Egan J.; Felton T.; Padden G.; Ward L.; Moss S.; Glasgow S.; Abel L.; Brett M.; Digby B.; Gemmell L.; Hornsby J.; MacGoey P.; O'Neil P.; Price R.; Rodden N.; Rooney K.; Sundaram R.; Thomson N.; Hopkins B.; Thrasyvoulou L.; Willis H.; Coulding M.; Jude E.; McCormick J.; Mercer O.; Potla D.; Rehman H.; Savill H.; Turner V.; Downes C.; Holding K.; Riches K.; Hilton M.; Hayman M.; Subramanian D.; Daniel P.; Adanini O.; Bhatia N.; Msiska M.; Collins R.; Clement I.; Gulati A.; Hays C.; Webster K.; Hudson A.; Webster A.; Stephenson E.; McCormack L.; Slater V.; Nixon R.; Hanson H.; Fearby M.; Kelly S.; Bridgett V.; Robinson P.; Camsooksai J.; Humphrey C.; Jenkins S.; Reschreiter H.; Wadams B.; Death Y.; Bastion V.; Clarke D.; David B.; Kent H.; Lorusso R.; Lubimbi G.; Murdoch S.; Penacerrada M.; Valentine J.; Vochin A.; Wulandari R.; Djeugam B.; Bell G.; English K.; Katary A.; Wilcox L.; Bruce M.; Connolly K.; Duncan T.; Michael H.T.; Lindergard G.; Hey S.; Fox C.; Alfonso J.; Durrans L.J.; Guerin J.; Blackledge B.; Harris J.; Hruska M.; Eltayeb A.; Lamb T.; Hodgkiss T.; Cooper L.; Rothwell J.; Allan A.; Anderson F.; Kaye C.; Liew J.; Medhora J.; Scott T.; Trumper E.; Botello A.; Lankester L.; Nikitas N.; Wells C.; Stowe B.; Spencer K.; Brandwood C.; Smith L.; Kolakaluri L.; Baines D.; Sukumaran A.; Apetri E.; Basikolo C.; Catlow L.; Charles B.; Dark P.; Doonan R.; Harvey A.; Horner D.; Knowles K.; Lee S.; Lomas D.; Lyons C.; Marsden T.; McLaughlan D.; McMorrow L.; Pendlebury J.; Perez J.; Poulaka M.; Proudfoot N.; Slaughter M.; Slevin K.; Thomas V.; Walker D.; Michael A.; Collis M.; Cosier T.; Millen G.; Richardson N.; Schumacher N.; Weston H.; Rand J.; Baxter N.; Henderson S.; Kennedy-Hay S.; Rooney L.; Sim M.; McCreath G.; Akeroyd L.; Bano S.; Bromley M.; Gurr L.; Lawton T.; Morgan J.; Sellick K.; Warren D.; Wilkinson B.; McGowan J.; Ledgard C.; Stacey A.; Pye K.; Bellwood R.; Bentley M.; Bewley J.; Garland Z.; Grimmer L.; Gumbrill B.; Johnson R.; Sweet K.; Webster D.; Efford G.; Convery K.; Fottrell-Gould D.; Hudig L.; Keshet-Price J.; Randell G.; Stammers K.; Bokhari M.; Linnett V.; Lucas R.; McCormick W.; Ritzema J.; Sanderson A.; Wild H.; Rostron A.; Roy A.; Woods L.; Cornell S.; Wakinshaw F.; Rogerson K.; Jarmain J.; Parker R.; Reddy A.; Turner-Bone I.; Harding P.; Abernathy C.; Foster L.; Gratrix A.; Martinson V.; Parkinson P.; Stones E.; Carbral-Ortega L.; Bercades G.; Brealey D.; Hass I.; MacCallum N.; Martir G.; Raith E.; Reyes A.; Smyth D.; Zitter L.; Benyon S.; Marriott S.; Park L.; Keenan S.; Gordon E.; Quinn H.; Baines K.; Cagova L.; Fofano A.; Garner L.; Holcombe H.; Mepham S.; Mitchell A.M.; Mwaura L.; Praman K.; Vuylsteke A.; Zamikula J.; Purewal B.; Rivers V.; Bell S.; Blakemore H.; Borislavova B.; Faulkner B.; Gendall E.; Goff E.; Hayes K.; Thomas M.; Worner R.; Smith K.; Stephens D.; Mew L.; Mwaura E.; Stewart R.; Williams F.; Wren L.; Sutherland S.-B.; Bevan E.; Martin J.; Trodd D.; Watson G.; Brown C.W.; Akinkugbe O.; Bamford A.; Beech E.; Belfield H.; Bell M.; Davies C.; Jones G.A.L.; McHugh T.; Meghari H.; O'Neill L.; Peters M.J.; Ray S.; Tomas A.L.; Burn I.; Hambrook G.; Manso K.; Penn R.; Shanmugasundaram P.; Tebbutt J.; Thornton D.; Davies R.; Duffin D.; Hill H.; Player B.; Thomas E.; Griffin D.; Muchenje N.; Mupudzi M.; Partridge R.; Conyngham J.-A.; Thomas R.; Wright M.; Corral M.A.; Jacob R.; Jones C.; Denmade C.; Beavis S.; Dale K.; Gascoyne R.; Hawes J.; Pritchard K.; Stevenson L.; Whileman A.; Doble P.; Hutter J.; Pawley C.; Shovelton C.; Vaida M.; Butcher D.; O'Sullivan S.; Butterworth-Cowin N.; Ahmad N.; Barker J.; Bauchmuller K.; Bird S.; Cawthron K.; Harrington K.; Jackson Y.; Kibutu F.; Lenagh B.; Masuko S.; Mills G.H.; Raithatha A.; Wiles M.; Willson J.; Newell H.; Lye A.; Nwafor L.; Jarman C.; Rowland-Jones S.; Foote D.; Cole J.; Thompson R.; Watson J.; Hesseldon L.; Macharia I.; Chetam L.; Ford A.; Birchall K.; Housley K.; Walker S.; Milner L.; Hanratty H.; Trower H.; Phillips P.; Oxspring S.; Donne B.; Jardine C.; Williams D.; Hay A.; Flanagan R.; Hughes G.; Latham S.; McKenna E.; Anderson J.; Hull R.; Rhead K.; Cruz C.; Pattison N.; Charnock R.; McFarland D.; Cosgrove D.; Ahmed A.; Morris A.; Jakkula S.; Nune A.; Brady M.; Dale S.; Dance A.; Gledhill L.; Greig J.; Hanson K.; Holdroyd K.; Home M.; Kelly D.; Kitson R.; Matapure L.; Melia D.; Mellor S.; Nortcliffe T.; Pinnell J.; Robinson M.; Shaw L.; Shaw R.; Thomis L.; Wilson A.; Wood T.; Bayo L.-A.; Merwaha E.; Ishaq T.; Hanley S.; Hibbert M.; Tetla D.; Woodford C.; Durga L.; Kennard-Holden G.; Branney D.; Frankham J.; Pitts S.; Laha S.; Verlander M.; Altabaibeh A.; Alvaro A.; Gilbert K.; Ma L.; Mostoles L.; Parmar C.; Jetha C.; Booker L.; Pratley A.; Adams C.; Agasou A.; Arden T.; Bowes A.; Boyle P.; Beekes M.; Button H.; Capps N.; Carnahan M.; Carter A.; Childs D.; Donaldson D.; Hard K.; Hurford F.; Hussain Y.; Javaid A.; Jones J.; Jose S.; Leigh M.; Martin T.; Millward H.; Motherwell N.; Rikunenko R.; Stickley J.; Summers J.; Ting L.; Tivenan H.; *Tonks L.; *Wilcox R.; Skinner D.; Gaylard J.; Mullan D.; Newman J.; Holland M.; Keenan N.; Lyons M.; Wassall H.; Marsh C.; Mahenthran M.; Carter E.; Kong T.; Blackman H.; Creagh-Brown B.; Donlon S.; Michalak-Glinska N.; Mtuwa S.; Pristopan V.; Salberg A.; Smith E.; Stone S.; Piercy C.; Verula J.; Burda D.; Montaser R.; Harden L.; Mayangao I.; Marriott C.; Bradley P.; Harris C.; Anderson S.; Andrews E.; Hammerton K.; O'Leary R.; Clark M.; Purvis S.; Barber R.; Hewitt C.; Hilldrith A.; Jackson-Lawrence K.; Shepardson S.; Wills M.; Butler S.; Tavares S.; Cunningham A.; Hindale J.; Arif S.; Bean S.; Burt K.; Spivey M.; Demetriou C.; Eckbad C.; Hierons S.; Howie L.; Mitchard S.; Ramos L.; Serrano-Ruiz A.; White K.; Kelly F.; Cristiano D.; Dormand N.; Farzad Z.; Gummadi M.; Liyanage K.; Patel B.; Salmi S.; Sloane G.; Thwaites V.; Varghese M.; Zborowski A.C.; Allan J.; Geary T.; Houston G.; Meikle A.; O'Brien P.; Forsey M.; Kaliappan A.; Riches J.; Vertue M.; Allan E.; Darlington K.; Davies F.; Easton J.; Kumar S.; Lean R.; Menzies D.; Pugh R.; Qiu X.; Davies L.; Williams H.; Scanlon J.; Davies G.; Mackay C.; Lewis J.; Rees S.; Oblak M.; Popescu M.; Thankachen M.; Higham A.; Simpson K.; Craig J.; Baruah R.; Morris S.; Ferguson S.; Shepherd A.; Moore L.S.P.; Vizcaychipi M.P.; de Almeida Martins L.G.; Carungcong J.; Ali I.A.M.; Beaumont K.; Blunt M.; Coton Z.; Curgenven H.; Elsaadany M.; Fernandes K.; Ally S.M.; Rangarajan H.; Sarathy V.; Selvanayagam S.; Vedage D.; White M.; Gill M.; Paul P.; Ratnam V.; Shelton S.; Wynter I.; Carmody S.; Page V.J.; Beith C.M.; Black K.; Clements S.; Morrison A.; Strachan D.; Taylor M.; Clarkson M.; D'Sylva S.; Norman K.; Auld F.; Donnachie J.; Edmond I.; Prentice L.; Runciman N.; Salutous D.; Symon L.; Todd A.; Turner P.; Short A.; Sweeney L.; Murdoch E.; Senaratne D.; Hill M.; Kannan T.; Crawley R.; Crew A.; Cunningham M.; Daniels A.; Harrison L.; Hope S.; Inweregbu K.; Jones S.; Lancaster N.; Matthews J.; Nicholson A.; Wray G.; Langton H.; Prout R.; Watters M.; Novis C.; Barron A.; Collins C.; Kaul S.; Passmore H.; Prendergast C.; Reed A.; Rogers P.; Shokkar R.; Woodruff M.; Middleton H.; Polgar O.; Nolan C.; Mahay K.; Collier D.; Hormis A.; Maynard V.; Graham C.; Walker R.; Knights E.; Price A.; Thomas A.; Thorpe C.; Behan T.; Burnett C.; Hatton J.; Heeney E.; Mitra A.; Newton M.; Pollard R.; Stead R.; Amin V.; Anastasescu E.; Anumakonda V.; Karthik K.; Kausar R.; Reid K.; Smith J.; Imeson-Wood J.; Brown A.; Crickmore V.; Debreceni G.; Wilkins J.; Nicol L.; Reece-Anthony R.; Birt M.; Ghosh A.; Williams E.; Allen L.; Beranova E.; Crisp N.; Deery J.; Hazelton T.; Knight A.; Price C.; Tilbey S.; Turki S.; Turney S.; Cooper J.; Finch C.; Liderth S.; Quinn A.; Waddington N.; Coventry T.; Fowler S.; MacMahon M.; Cowley A.; Highgate J.; Gregory J.; O'Connell S.; Smith T.; Barberis L.; Gopal S.; Harris N.; Lake V.; Metherell S.; Radford E.; Daniel A.; Finn J.; Saha R.; White N.; Donnison P.; Trim F.; Eapen B.; Birch J.; Bough L.; Goodsell J.; Tutton R.; Williams P.; Williams S.; Winter-Goodwin B.; Brickell K.; Smyth M.; Murphy L.; Coetzee S.; Gales A.; Raj M.; Sell C.; Hilltout P.; Evitts J.; Tyler A.; Waldron J.; Beesley K.; Board S.; Kubisz-Pudelko A.; Lewis A.; Perry J.; Pippard L.; Wood D.; Buckley C.; Barry P.; Flint N.; Rekha P.; Hales D.; Bunni L.; Jennings C.; Latif M.; Marshall R.; Subramanian G.; McGuigan P.J.; Wasson C.; Finn S.; Green J.; Collins E.; King B.; Smuts S.; Duffield J.; Smith O.; Mallon L.; Watkins C.; Botfield L.; Butler J.; Dexter C.; Fletcher J.; Garg A.; Kuravi A.; Ranga P.; Virgilio E.; Belagodu Z.; Fuller B.; Gherman A.; Olufuwa O.; Paramsothy R.; Stuart C.; Oakley N.; Kamundi C.; Tyl D.; Collins K.; Silva P.; Taylor J.; King L.; Coates C.; Crowley M.; Wakefield P.; Beadle J.; Johnson L.; Sargeant J.; Anderson M.; Brady A.; Chan R.; Little J.; McIvor S.; Prady H.; Whittle H.; Mathew B.; Attwood B.; Parsons P.; Ward G.; Bremmer P.; Joe W.; Tracy B.; Jim R.; Davies E.; Roche L.; Sathe S.; Dennis C.; McGregor A.; Parris V.; Srikaran S.; Sukha A.; Clarke N.; Whiteside J.; Mascarenhas M.; Donaldson A.; Matheson J.; Barrett F.; O'Hara M.; Okeefe L.; Bradley C.; Eastgate-Jackson C.; Filipe H.; Martin D.; Maharajh A.; Garcia S.M.; Pakou G.; De Neef M.; Dent K.; Horsley E.; Akhtar M.N.; Pearson S.; Potoczna D.; Spencer S.; Clapham M.; Harper R.; Poultney U.; Rice P.; Mutch R.; Armstrong L.; Bates H.; Dooks E.; Farquhar F.; Hairsine B.; McParland C.; Packham S.; Bi R.; Scholefield B.; Ashton L.; George L.; Twiss S.; Wright D.; Chablani M.; Kirkby A.; Netherton K.; Davies K.; O'Brien L.; Omar Z.; Otahal I.; Perkins E.; Lewis T.; Sutherland I.; Burns K.; Chandler B.; Elliott K.; Mallinson J.; Turnbull A.; Gondo P.; Hadebe B.; Kayani A.; Masunda B.; Anderson T.; Hawcutt D.; O'Malley L.; Rad L.; Rogers N.; Saunderson P.; Allison K.S.; Afolabi D.; Whitbread J.; Jones D.; Dore R.; Halkes M.; Mercer P.; Thornton L.; Dawson J.; Garrioch S.; Tolson M.; Aldridge J.; Kapoor R.; Loader D.; Castle K.; Humphreys S.; Tampsett R.; Mackintosh K.; Ayers A.; Harrison W.; North J.; Allibone S.; Genetu R.; Kasipandian V.; Patel A.; Mac A.; Murphy A.; Mahjoob P.; Nazari R.; Worsley L.; Fagan A.; Bemand T.; Black E.; Rosa A.D.; Howle R.; Jhanji S.; Baikady R.R.; Tatham K.C.; Thomas B.; Bell D.; Boyle R.; Douglas K.; Glass L.; Lee E.; Lennon L.; Rattray A.; Taylor A.; Hughes R.A.; Thomas H.; Rees A.; Duskova M.; Phipps J.; Brooks S.; Edwards M.; Quaid S.; Watson E.; Brayne A.; Fisher E.; Hunt J.; Jackson P.; Kaye D.; Love N.; Parkin J.; Tuckey V.; van Koutrik L.; Carter S.; Andrew B.; Findlay L.; Adams K.; Service J.; Williams A.; Cheyne C.; Saunderson A.; Moultrie S.; Odam M.; Hall K.; Mapfunde I.; Willis C.; Lyon A.; Sri-Chandana C.; Scherewode J.; Stephenson L.; Marsh S.; Hardy J.; Houlden H.; Moncur E.; Tariq A.; Tucci A.; Hobrok M.; Loosley R.; McGuinness H.; Tench H.; Wolf-Roberts R.; Irvine V.; Shelley B.; Gorman C.; Gupta A.; Timlick E.; Brady R.; Milligan B.; Bellini A.; Bryant J.; Mayer A.; Pickard A.; Roe N.; Sowter J.; Howlett A.; Fidler K.; Tagliavini E.; Donnelly K.; Shelton J.F.; Shastri A.J.; Ye C.; Weldon C.H.; Filshtein-Sonmez T.; Coker D.; Symons A.; Esparza-Gordillo J.; Aslibekyan S.; Auton A.; Pathak G.A.; Karjalainen J.; Stevens C.; Andrews S.J.; Kanai M.; Cordioli M.; Polimanti R.; Pirinen M.; Harerimana N.; Veerapen K.; Wolford B.; Nguyen H.; Solomonson M.; Liao R.G.; Chwialkowska K.; Trankiem A.; Balaconis M.K.; Hayward C.; Richmond A.; Campbell A.; Morris M.; Fawns-Ritchie C.; Glessner J.T.; Shaw D.M.; Chang X.; Polikowski H.; Petty L.E.; Chen H.-H.; Wanying Z.; Porteous D.J.; Below J.; North K.; McCormick J.B.; Timmers P.H.J.; D'Mellow K.; Kerr S.M.; Niemi M.E.K.; von Hohenstaufen K.A.; Sobh A.; Eltoukhy M.M.; Yassen A.M.; Hegazy M.A.F.; Okasha K.; Eid M.A.; Moahmed H.S.; Shahin D.; El-Sherbiny Y.M.; Elhadidy T.A.; Abd Elghafar M.S.; El-Jawhari J.J.; Mohamed A.A.S.; Elnagdy M.H.; Samir A.; Abdel-Aziz M.; Khafaga W.T.; El-Lawaty W.A.; Torky M.S.; El-shanshory M.R.; Batini C.; Lee P.H.; Shrine N.; Williams A.T.; Tobin M.D.; Guyatt A.L.; John C.; Packer R.J.; Ali A.; Free R.C.; Wang X.; Wain L.V.; Hollox E.J.; Venn L.D.; Bee C.E.; Adams E.L.; Niavarani A.; Sharififard B.; Aliannejad R.; Amirsavadkouhi A.; Naderpour Z.; Tadi H.A.; Aleagha A.E.; Ahmadi S.; Moghaddam S.B.M.; Adamsara A.; Saeedi M.; Abdollahi H.; Hosseini A.; Chariyavilaskul P.; Chamnanphon M.; Suttichet T.B.; Shotelersuk V.; Pongpanich M.; Phokaew C.; Chetruengchai W.; Jantarabenjakul W.; Putchareon O.; Torvorapanit P.; Puthanakit T.; Suchartlikitwong P.; Hirankarn N.; Nilaratanakul V.; Sodsai P.; Brumpton B.M.; Hveem K.; Willer C.; Zhou W.; Rogne T.; Solligard E.; Asvold B.O.; Abedalthagafi M.; Alaamery M.; Alqahtani S.; Barakeh D.; Harthi F.A.; Alsolm E.; Safieh L.A.; Alowayn A.M.; Alqubaishi F.; Mutairi A.A.; Mangul S.; Alshareef A.; Sawaji M.; Almutairi M.; Aljawini N.; Albesher N.; Arabi Y.M.; Mahmoud E.S.; Khattab A.K.; Halawani R.T.; Alahmadey Z.Z.; Albakri J.K.; Felemban W.A.; Suliman B.A.; Hasanato R.; Al-Awdah L.; Alghamdi J.; AlZahrani D.; AlJohani S.; Al-Afghani H.; Alrashed M.; AlDhawi N.; AlBardis H.; Alkwai S.; Alswailm M.; Almalki F.; Albeladi M.; Almohammed I.; Barhoush E.; Albader A.; Massadeh S.; AlMalik A.; Alotaibi S.; Alghamdi B.; Jung J.; Fawzy M.S.; Lee Y.; Magnus P.; Trogstad L.-I.S.; Helgeland O.; Harris J.R.; Mangino M.; Spector T.D.; Duncan E.; Smieszek S.P.; Przychodzen B.P.; Polymeropoulos C.; Polymeropoulos V.; Polymeropoulos M.H.; Fernandez-Cadenas I.; Perez-Tur J.; Llucia-Carol L.; Cullell N.; Muino E.; Carcel-Marquez J.; DeDiego M.L.; Iglesias L.L.; Planas A.M.; Soriano A.; Rico V.; Aguero D.; Bedini J.L.; Lozano F.; Domingo C.; Robles V.; Ruiz-Jaen F.; Marquez L.; Gomez J.; Coto E.; Albaiceta G.M.; Garcia-Clemente M.; Dalmau D.; Arranz M.J.; Dietl B.; Serra-Llovich A.; Soler P.; Colobran R.; Martin-Nalda A.; Martinez A.P.; Bernardo D.; Rojo S.; Fiz-Lopez A.; Arribas E.; de la Cal-Sabater P.; Segura T.; Gonzalez-Villa E.; Serrano-Heras G.; Marti-Fabregas J.; Jimenez-Xarrie E.; Mimbrera A.F.; Masjuan J.; Garcia-Madrona S.; Dominguez-Mayoral A.; Villalonga J.M.; Menendez-Valladares P.; Chasman D.I.; Buring J.E.; Ridker P.M.; Franco G.; Sesso H.D.; Manson J.E.; Glessner J.R.; Hakonarson H.; Medina-Gomez C.; Uitterlinden A.G.; Ikram M.A.; Kristiansson K.; Koskelainen S.; Perola M.; Donner K.; Kivinen K.; Palotie A.; Ripatti S.; Ruotsalainen S.; Kaunisto M.; Nakanishi T.; Butler-Laporte G.; Forgetta V.; Morrison D.R.; Ghosh B.; Laurent L.; Belisle A.; Henry D.; Abdullah T.; Adeleye O.; Mamlouk N.; Kimchi N.; Afrasiabi Z.; Rezk N.; Vulesevic B.; Bouab M.; Guzman C.; Petitjean L.; Tselios C.; Xue X.; Schurr E.; Afilalo J.; Afilalo M.; Oliveira M.; Brenner B.; Lepage P.; Ragoussis J.; Auld D.; Brassard N.; Durand M.; Chasse M.; Kaufmann D.E.; Lathrop G.M.; Mooser V.; Richards J.B.; Li R.; Adra D.; Rahmouni S.; Georges M.; Moutschen M.; Misset B.; Darcis G.; Guiot J.; Guntz J.; Azarzar S.; Gofflot S.; Beguin Y.; Claassen S.; Malaise O.; Huynen P.; Meuris C.; Thys M.; Jacques J.; Leonar P.; Frippiat F.; Giot J.-B.; Sauvage A.-S.; von Frenckell C.; Belhaj Y.; Lambermont B.; Pigazzini S.; Daya M.; Shortt J.; Rafaels N.; Wicks S.J.; Crooks K.; Barnes K.C.; Gignoux C.R.; Chavan S.; Laisk T.; Lall K.; Lepamets M.; Magi R.; Esko T.; Reimann E.; Milani L.; Alavere H.; Metsalu K.; Puusepp M.; Metspalu A.; Naaber P.; Laane E.; Pesukova J.; Peterson P.; Kisand K.; Tabri J.; Allos R.; Hensen K.; Starkopf J.; Ringmets I.; Tamm A.; Kallaste A.; Bochud P.-Y.; Rivolta C.; Bibert S.; Quinodoz M.; Kamdar D.; Boillat N.; Nussle S.G.; Albrich W.; Suh N.; Neofytos D.; Erard V.; Voide C.; de Cid R.; Galvan-Femenia I.; Blay N.; Carreras A.; Cortes B.; Farre X.; Sumoy L.; Moreno V.; Mercader J.M.; Guindo-Martinez M.; Torrents D.; Kogevinas M.; Garcia-Aymerich J.; Castano-Vinyals G.; Dobano C.; Renieri A.; Mari F.; Fallerini C.; Daga S.; Benetti E.; Baldassarri M.; Fava F.; Frullanti E.; Valentino F.; Doddato G.; Giliberti A.; Tita R.; Amitrano S.; Bruttini M.; Croci S.; Meloni I.; Mencarelli M.A.; Rizzo C.L.; Pinto A.M.; Beligni G.; Tommasi A.; Sarno L.D.; Palmieri M.; Carriero M.L.; Alaverdian D.; Busani S.; Bruno R.; Vecchia M.; Belli M.A.; Picchiotti N.; Sanarico M.; Gori M.; Furini S.; Mantovani S.; Ludovisi S.; Mondelli M.U.; Castelli F.; Quiros-Roldan E.; Antoni M.D.; Zanella I.; Vaghi M.; Rusconi S.; Siano M.; Montagnani F.; Emiliozzi A.; Fabbiani M.; Rossetti B.; Bargagli E.; Bergantini L.; D'Alessandro M.; Cameli P.; Bennett D.; Anedda F.; Marcantonio S.; Scolletta S.; Franchi F.; Mazzei M.A.; Guerrini S.; Conticini E.; Cantarini L.; Frediani B.; Tacconi D.; Spertilli C.; Feri M.; Donati A.; Scala R.; Guidelli L.; Spargi G.; Corridi M.; Nencioni C.; Croci L.; Bandini M.; Caldarelli G.P.; Piacentini P.; Desanctis E.; Cappelli S.; Canaccini A.; Verzuri A.; Anemoli V.; Ognibene A.; Pancrazzi A.; Lorubbio M.; Monforte A.D.; Miraglia F.G.; Girardis M.; Venturelli S.; Cossarizza A.; Antinori A.; Vergori A.; Gabrieli A.; Riva A.; Francisci D.; Schiaroli E.; Paciosi F.; Scotton P.G.; Andretta F.; Panese S.; Scaggiante R.; Gatti F.; Parisi S.G.; Baratti S.; Monica M.D.; Piscopo C.; Capasso M.; Russo R.; Andolfo I.; Iolascon A.; Fiorentino G.; Carella M.; Castori M.; Merla G.; Squeo G.M.; Aucella F.; Raggi P.; Marciano C.; Perna R.; Bassetti M.; Biagio A.D.; Sanguinetti M.; Masucci L.; Valente S.; Mandala M.; Giorli A.; Salerni L.; Zucchi P.; Parravicini P.; Menatti E.; Trotta T.; Giannattasio F.; Coiro G.; Lena F.; Coviello D.A.; Mussini C.; Martinelli E.; Mancarella S.; Tavecchia L.; Crotti L.; Gabbi C.; Rizzi M.; Maggiolo F.; Ripamonti D.; Bachetti T.; Rovere M.T.L.; Sarzi-Braga S.; Bussotti M.; Ceri S.; Pinoli P.; Raimondi F.; Biscarini F.; Stella A.; Zguro K.; Capitani K.; Suardi C.; Dei S.; Parati G.; Ravaglia S.; Artuso R.; Botta G.; Di Domenico P.; Rancan I.; Perrella A.; Bianchi F.; Romani D.; Bergomi P.; Catena E.; Colombo R.; Tanfoni M.; Vincenti A.; Ferri C.; Grassi D.; Pessina G.; Tumbarello M.; Di Pietro M.; Sabrina R.; Luchi S.; Barbieri C.; Acquilini D.; Andreucci E.; Segala F.V.; Tiseo G.; Falcone M.; Lista M.; Poscente M.; De Vivo O.; Petrocelli P.; Guarnaccia A.; Baroni S.; Smith A.V.; Boughton A.P.; Li K.W.; LeFaive J.; Annis A.; Chittoor G.; Josyula N.S.; Leader J.B.; Carey D.J.; Gass M.C.; Cantor M.N.; Yadav A.; van Heel D.A.; Hunt K.A.; Mason D.; Huang Q.Q.; Finer S.; Trivedi B.; Griffiths C.J.; Martin H.C.; Wright J.; Trembath R.C.; Soranzo N.; Zhao J.H.; Butterworth A.S.; Danesh J.; Di Angelantonio E.; Franke L.; Boezen M.; Deelen P.; Claringbould A.; Lopera E.; Warmerdam R.; Vonk J.M.; van Blokland I.; Lanting P.; Ori A.P.S.; Zollner S.; Wang J.; Beck A.; Peloso G.; Ho Y.-L.; Sun Y.V.; Huffman J.E.; O'Donnell C.J.; Cho K.; Tsao P.; Gaziano J.M.; Nivard M.; de Geus E.; Bartels M.; Hottenga J.J.; Weiss S.T.; Karlson E.W.; Smoller J.W.; Green R.C.; Feng Y.-C.A.; Mercader J.; Murphy S.N.; Meigs J.B.; Woolley A.E.; Perez E.F.; Rader D.; Li B.; Verma S.S.; Lucas A.; Bradford Y.; Zeberg H.; Frithiof R.; Hultstrom M.; Lipcsey M.; Nkambul L.; Tardif N.; Rooyackers O.; Grip J.; Maricic T.; Karczewski K.J.; Atkinson E.G.; Tsuo K.; Baya N.; Turley P.; Gupta R.; Callier S.; Walters R.K.; Palmer D.S.; Sarma G.; Cheng N.; Lu W.; Bryant S.; Churchhouse C.; Cusick C.; Goldstein J.I.; King D.; Seed C.; Finucane H.; Martin A.R.; Satterstrom F.K.; Wilson D.J.; Armstrong J.; Rudkin J.K.; Band G.; Earle S.G.; Lin S.-K.; Arning N.; Crook D.W.; Wyllie D.H.; O'Connell A.M.; Spencer C.C.A.; Koelling N.; Fowler T.; Pasko D.; Ball C.A.; Hong E.L.; Rand K.; Girshick A.; Guturu H.; Baltzell A.H.; Roberts G.; Park D.; Coignet M.; McCurdy S.; Knight S.; Partha R.; Rhead B.; Zhang M.; Berkowitz N.; Gaddis M.; Noto K.; Ruiz L.; Pavlovic M.; Sloofman L.G.; Charney A.W.; Beckmann N.D.; Schadt E.E.; Jordan D.M.; Thompson R.C.; Gettler K.; Abul-Husn N.S.; Ascolillo S.; Buxbaum J.D.; Chaudhary K.; Cho J.H.; Itan Y.; Kenny E.E.; Belbin G.M.; Sealfon S.C.; Sebra R.P.; Salib I.; Collins B.L.; Levy T.; Britvan B.; Keller K.; Tang L.; Peruggia M.; Hiester L.L.; Niblo K.; Aksentijevich A.; Labkowsky A.; Karp A.; Zlatopolsky M.; Preuss M.; Loos R.J.F.; Nadkarni G.N.; Do R.; Hoggart C.; Choi S.; Underwood S.J.; O'Reilly P.; Huckins L.M.; Zyndorf M.; Daly M.J.; Neale B.M.; Ganna A.

Citation:
Nature, 2022. Vol 607(7917) (pp 97-103)

Abstract:
Critical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care1 or hospitalization2-4 after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes-including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)-in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease.

Link to full-text [open access - no password required]

Altmetrics: